Свято-Никольский храм города Таганрога был воздвигнут в честь победы русского флота над турецким в войне 1768-1774 годов.

В 1777 году главнокомандующий Азовской флотилией и Таганрогским портом контр-адмирал Федор Алексеевич Клокачев обратился с ходатайством к архиепископу Славенскому Евгению о разрешении постройки храма во имя Святителя Николая в так называемых морских кварталах г. Таганрога.

Место для постройки храма было выбрано не случайно. Как известно, на Руси во все времена наши благочестивые предки стремились воздвигать храмы на самых лучших участках земли. О том, что место, на котором построен Никольский храм, было именно таковым свидетельствует тот факт, что именно здесь в своё время располагал свою палатку император Петр Первый, когда приезжал на Таганий Рог выбирать место для нового военно-морского порта и крепости.

Постройка продвигалась быстро и в 1778 году церковь была освящена. Храм оказался по тем временам величественным и благообразным. Его фундамент был каменным, а стены – деревянными. Вскоре после окончания строительства храм был определен как соборный, и выполнял эти функции вплоть до постройки Успенского кафедрального собора. До 1863 года храм был неразрывно связан с историей создававшегося на Юге России военно-морского флота. Храм был построен моряками, и прихожанами его были преимущественно рыбаки. Первым настоятелем храма был назначен священник из Воронежской Епархии Исидор Ляхницкий.

В 1845 году к храму была пристроена 3-ярусная кирпичная колокольня во имя святой великомученицы Параскевы, была благоустроена прилегающая территория. Позже к приделу была пристроена трапезная. В архитектурно-художественном отношении здание представляет собой типичную приходскую церковь, выстроенную по классическим канонам. Колокольня выполнена с деталями в стиле ампир.

Во время Крымской войны 1855-1856 годов, 20 мая 1855 года в Таганрогский залив вошла вражеская эскадра. 22 мая Таганрог подвергся артиллерийскому обстрелу; с кораблей противника по городу было выпущено около 10 тысяч разрывных и зажигательных бомб, боевых пороховых ракет, гранат и картечи. Свидетельством этой бомбардировки являются два ядра, застрявшие в южной стене Свято-Никольского храма.

Во время Великой Отечественной войны деревянная церковь полностью сгорела. В эпоху хрущёвских гонений на Церковь храм подвергся практически полному разрушению. В 1962 году верхние ярусы колокольни были взорваны. На церковной территории поочерёдно располагались теннисный корт, конюшня, гаражи и автомастерская, деревообрабатывающий цех… Результатом такого варварского использования стало то, что в 1989 году верующим были переданы самые настоящие руины.

В начале 90-х годов была восстановлена колокольня и выстроено новое кирпичное здание храма на месте сгоревшего.  Храм охраняется как памятник истории и культуры XVIII века.

С историей Никольского храма неразрывно связаны жизни многих выдающихся сынов нашего Отечества. Так, во время службы в Таганроге офицером Азовской флотилии, прихожанином храма был Феодор Ушаков, впоследствии легендарный непобедимый адмирал, причисленный Церковью к лику Святых. В хоре Никольского храма, вместе с отцом и братьями, в детские годы пел А.П. Чехов. Прихожанином храма был праведный Павел Таганрогский.

Храмовый комплекс воссоздан благодаря усилиям настоятеля Свято-Никольского прихода протоиерея Александра Клюнкова и городских властей. Возрождённый из руин Свято-Никольский храм ныне сияет своим великолепием. В нём произведена настенная роспись, изготовлен уникальный иконостас, написан целый ряд больших и малых икон. Для этих работ о. Александром были привлечены высококвалифицированные мастера-иконописцы. Убранство храма постоянно пополняется новыми иконами.

Обилие находящихся в храме святынь вызывает благоговейный трепет у всех православных таганрожцев. Это, в первую очередь, святые мощи праведного Павла Таганрогского, которые покоятся в великолепной позолоченной раке, а также образ святителя Николая Чудотворца с частицей его мощей, икона святого адмирала Феодора Ушакова с частицей мощей, а также списки с чудотворных икон Божией Матери «Всецарица», «Неупиваемая Чаша», и многих других почитаемых образов.

Храм стал настоящим центром духовности и религиозного образования. При нём действует воскресная школа для детей и взрослых, открылся музей культуры и истории Приазовья.